黨群團組織

• 黨委辦公室
• 組織部(黨校)
• 統戰部
• 宣傳部(新聞中心)
• 紀委辦
• 武裝部
• 學生工作部
• 團委
• 校工會
• 校友工作辦
• 關工委
• 老年科協
• 體育運動委員會

行政管理單位

• 校長辦公室
• 張家界校區黨政辦
• 發展規劃與學科建設處
• 人事處
• 科技處
• 社會科學處
• 教務處(素質教育中心、質量監控與評估辦)
• 研究生處
• 財務處
• 后勤管理處
• 征地與基建辦公室
• 資產管理處
• 招生就業處
• 審計處
• 監察室
• 保衛處
• 離退休工作處
• 國際合作與交流處
• 實驗室與設備管理中心
• 張家界校區總務辦
• 張家界校區教科辦
• 張家界校區學工辦
• 張家界校區綜治辦
• 張家界校區財務辦
• 采購與招投標管理中心

教學科研輔助機構

• 信息網絡中心
• 武陵山發展研究院(民族發展研究院)
• 高教研究所
• 學報自然科學版
• 學報社會科學版
• 圖書館
• 檔案館
• 黃永玉藝術博物館
• 文化教育場館管理中心

科研機構、學科專業平臺

• 湖南省自然與文化遺產研究基地(湖南省高校哲學社會科學重點研究基地)
• 差異與和諧社會研究中心(湖南省高校哲學社會科學重點研究基地)
• 人類學民族學研究所(民族學湖南省優勢特色重點學科)
• 武陵山區生態文化與居民健康營造重點實驗室
• 武陵山區民族生態文化研究協同創新中心
• 哲學研究所(哲學湖南省重點學科)
• 林產化工工程湖南省重點實驗室
• 植物資源保護與利用湖南省重點實驗室
• 生態旅游湖南省重點實驗室
• 化學實驗教學示范中心(國家級)
• 醫學虛擬仿真實驗教學中心
• 應用經濟學湖南省重點學科
• 生態學湖南省重點學科
• 體育學湖南省重點學科
• 生態人類學網
• 湖南省知識產權遠程教育平臺
• 應用人類學高等研究院
• 產學研網
• 錳鋅釩產業技術協同創新中心
• 臨床醫學專業認證
• 武陵山片區扶貧與發展協同創新中心
• 國防教育研究院（湖南省高校軍事訓練理論與實踐研究基地）
• 錳鋅礦業重金屬污染綜合防治技術湖南省工程實驗室
• 礦物清潔生產與綠色功能材料開發湖南省重點實驗室
• 杜仲綜合利用技術國家地方聯合工程實驗室
• 武陵山扶貧開發研究中心
• 武陵山地區民族藥解析與創制湖南省工程實驗室
• 吉首大學-高望界&小溪國家級自然保護區生物專業校企合作人才培養示范基地
• 院士專家工作站
• 大鯢資源保護與綜合利用湖南省工程實驗室

附屬單位

• 第一附屬醫院(湘西州人民醫院)
• 第二附屬醫院(吉首市人民醫院)
• 附屬中醫院